La cripta è collocata al di sotto del presbiterio della Chiesa, geometricamente a pianta quadrata, ed è composta da volte a sesto acuto che appoggiano centralmente su sei colonne e lateralmente su sei paraste. La cripta rispecchia, per conformazione architettonica, la soprastante chiesa ed è chiusa da cancelli in ferro battuto di stile tardo barocco.
Sono evidenti quattro portalini: tre in stucco ed uno in corrispondenza della nicchia dedicata alla Madonna di Lourdes, in marmo di Carrara. All’interno della cappellina posta in fondo alla cripta è insediato un piccolo altare in conglomerato di graniglia e, poco sopra, un interessante affresco raffigurante la Madonna col Bambino, al momento difficilmente databile.
L’altare è costituito da un Tabernacolo a tempietto di forma rettangolare, con elementi dorati e un piccolo bassorilievo raffigurante il Cristo Benedicente, presente sullo sportellino che protegge l’alloggiamento della pisside. Il piano della Mensa è sorretto da quattro colonnine a tutto tondo con basamenti a torello circolare e capitello in stile dorico, mentre il restante corpo dell’altare, che alterna graniglie gialle, verdi e rosse, si completa centralmente con la presenza della Croce Santa in rilievo.